Struktuur on osa YFU Eesti MTÜ sisesest töökorraldusest. Tööd tehakse eelkõige töögruppides ning need on seotud tegevussuundadega. See võimaldab vabatahtlikel tegeleda just nende tegevustega, mille suhtes on neil huvi. YFU Eesti koolitab oma vabatahtlikke regulaarselt, eks ikka selleks, et tõsta vabatahtlike pädevust.

YFU Eesti juhib juhatus, mis koosneb kuni seitsmest liikmest ning juhatuse valivad tegevliikmed üks kord aastas. YFU Eesti juhatuse tööd nõustab ja kontrollib YFU Eesti nõukogu.

Meie juhatusse kuuluvad: Mattias Saks, Martin Kuustik, Heiki Liiser, Kadi Kuusmann, Sigrid Solnik, Sandra Perens, Jaanus Kamber.

Väljaminevate vahetusõpilastega tegelevad need YFU Eesti vabatahtlikud, kes kuuluvad VÕP töögruppi.

Sissetulevate vahetusõpilaste ja vastuvõtvate perekondadega tegelevad need YFU Eesti vabatahtlikud, kes kuuluvad SÕP/VAP töögruppi.

Vabatahtlike koordinatsiooniga tegelevad need YFU Eesti vabatahtlikud, kes kuuluvad VKG töögruppi.

Kõik töögrupid jagunevad omakorda Tallinna ja Tartu suuna vahel, kuid neil on ühine töökorraldus ja eesmärk. Kõikidel töögruppidel on kaaskoordinaator kontoritöötaja näol, aga ka vastutaja, kes on YFU Eesti MTÜ juhatuse liige.